Dès qu’il n’y avait plus de doute sur la désignation du coupable, le juge autorisait la citation en justice. Un sergent de ville ou un huissier était chargé de signifier à l’animal son obligation de comparaître aux jours et aux heures indiqués. Démarche qui devait être répétée à trois reprises. Faute de se présenter personnellement devant le tribunal, la bête coupable était considérée comme défaillante. Elle était alors représentée par un curateur et un avocat qui, sous serment, se déclaraient prêts à défendre leur client en toute impartialité.
Certains avocats de l’époque acquirent une belle réputation de défenseurs de la cause animale. En 1499, l’un d’eux réussit à faire acquitter un ours qui terrorisait plusieurs villages. Il plaida que cet animal n’avait pas à répondre de ses actes devant la justice des hommes, mais bien devant ses pairs… les ours de sa communauté !
Au cours de chaque procès, la procédure classique était fidèlement observée, entourée du même cérémonial que pour les criminels humains. Les débats étaient menés de façon contradictoire, entre l’accusation et la défense, exactement comme dans un procès classique. L’animal coupable était enfermé dans une cellule en attendant qu’on vienne lui signifier la sentence et la condamnation du tribunal, généralement la peine de mort précédée d’un supplice.